海口南港站位于鐵路輪渡南港碼頭，總建筑面積超6000平方米，站房采用高架設計，站內配備多條旅客查驗專用通道。

　　隨著瓊州海峽客流量的逐年遞增，鐵路輪渡發送量也在持續增長，年旅客發送量超300萬人次。南港管理所黨支部書記黃艦波表示，新站房啟用后增加多條進站查驗通道，大大提升了旅客進站候船的速度，同時旅客候船面積增長約2倍，能夠較好地適應客流不斷增加的需要。他說，南港站作為集高鐵、輪渡、汽車滾裝于一體設計的綜合交通樞紐，將讓旅客出行更舒適、更便捷、更高效。